يكون الرقم الهيدروجيني للبراز عادة محايدًا أو قلويًا قليلاً (6.8 - 7.5). البراز أكثر حمضية ، فسيولوجية فقط في حديثي الولادة ، قد تشير إلى الالتهابات المعوية (Escherichia coli ، Rotavirus) أو اضطرابات الجهاز الهضمي ، مثل عدم تحمل اللاكتوز أو الدهون (قصور دهون إسهال البنكرياس أو ركود القنوات الصفراوية).
إذا كان الرقم الهيدروجيني للبراز يميل إلى الزيادة في وجود dysbiosis putrefactive ، فإنه يميل إلى النزول في وجود dysbiosis التخمر ، والتي توجد أسباب المنشأ في الإفراط في تناول الكربوهيدرات أو في امتصاص سيئة من نفس (مرض الاضطرابات الهضمية) . حتى في وجود كمية وافرة من الدهون ، في النظم الغذائية النباتية وفي الصيام لفترات طويلة ، يصبح الرقم الهيدروجيني للبراز حمضيًا.
لتجنب تشويه نتائج الفحص ، لا يجب أن يكون البراز ملوثًا بالبول ويجب تبريده بسرعة لمنع الأمونيا البولية وأن البكتيريا البكتيرية المسببة للحساسية تصنع القلوية pH القلوية.