بالإضافة إلى تدابير الحماية الفردية والسيطرة البيئية على الناقل ، يمكن الوقاية من التهاب الدماغ الياباني عن طريق التطعيم.
يتم إعطاء لقاح Ixiaro ، الذي تمت الموافقة عليه بالفعل من قبل FDA (إدارة الغذاء والدواء) في الولايات المتحدة الأمريكية والمصرح به من قبل وكالة الأدوية الأوروبية (EMEA) ، في العضل في المنطقة الدالية (الذراع العلوي) ، في جرعتين ، والثاني من التي يتم تلقيحها بعد 4 أسابيع من الأولى. للحصول على التحصين الفعال ، يجب إكمال دورة التطعيم قبل أسبوع على الأقل من الاتصال المحتمل بفيروس التهاب الدماغ الياباني.
يوصى بلقاح التهاب الدماغ الياباني للمسافرين الذين يبقون في الهواء الطلق لفترة طويلة في المناطق الموبوءة ، خلال الموسم الذي يكون فيه انتقال العدوى أكثر احتمالا ؛ ومع ذلك ، فإنه لم يتم الإشارة إلى الأفراد دون سن 18 ، الحوامل والمرضعات.
